1、在上一篇我们讲了GROMACS的简介和安装，在这一篇中我们讲一下GROMACS的使用。GROMACS中含有精准且全的立场（尤其是氮是2），这使其被广泛用于生物模拟中，它不仅可以进行全原子模拟计算，还可以进行粗粒化计算。
2、Win8系统可以支持用友软件的，以兼容模式安装就可以了。WIN8软件兼容性安装和运行方法：在程序右键-属性。选择“兼容性。在兼容模式下，勾寻以兼容模式运行这个程序”。
3、结果是一组坐标，需要用分子可视化软件比如PyMol来看。因此，Gromacs并不像Windows程序那样打开来使用的。关于Gromacs的用法，你可以在其官网（http：//）找到一些教程，官网也有用户手册，里面有命令的解释。
4、打开VMD，成功导入轨迹文件或分子文件，VMDmain窗口，filesavecoordinatesSelectedatoms选择all；Filetype选择pdb，或xyz。Frames下面用默认的就行。格式转换后的文件存在VMD的安装主目录下。
5、下一步是将分子结构（gro文件），拓扑（顶部文件）MD参数（mdp文件）和（可选）索引文件（ndx）综合以生成运行输入文件（tpr扩展名）。此文件包含使用GROMACS启动模拟所需的所有信息。
6、GROMACS是用于研究生物分子体系的分子动力学程序，通过北鲲云申请这款软件后，就可以直接在线上使用了，你可以通过命令行、工作站、可视化图形的方式来提交作业。
rpm-qplLinux-4-i36rpm选择安装方式后，开始安装。我们可以用rpm-ivhLinux-4-i36rpm命令安装此软件。
第一：RPMrpm是RedHatpackagemanage的简写。
由于它为Linux使用者省去了很多时间，所以被广泛应用于在Linux下安装、删除软件。ivh都是rpm命令的参数，可以从rpm--help里找到说明。
1、rpm是一个功能十分强大的软件包管理系统，它使得在Linux下安装、升级和删除软件包的工作变得容易，并且具有查询、验证软件包的功能。与图形化工具相比，使用命令行可以获得更大的灵活性。
2、由于Linux中的程序大多是小程序。程序与程序之间存在非常复杂的依赖关系。RPM无法解决软件包的依赖关系。RPM包用RPM工具可以将二进制程序进行打包，包被称为RPM包。RPM包并不是跨平台的。
3、rpm和yum命令都是软件包管理器，是用于互联网下载包的打包及安装工具。它们的操作系统都是FedoraLinux。不同点安装程序不同RPM文件在Linux系统中的安装最为简便。
4、yum和rpm安装的主要区别在于软件管理层级，yum是高级包管理工具，可以解决依赖关系，而rpm是低级包管理工具，仅用于单一包的安装。
5、简单点回答吧，rpm只能安装已经下载到本地机器上的rpm包.yum能在线下载并安装rpm包，能更新系统，且还能自动处理包与包之间的依赖问题，这个是rpm工具所不具备的。
1、打开一个终端，su-成root用户；chmod+xsoft.bin./soft.bin//运行这个命令就可以安装软件了不需要安装的软件：有了些软件，比如lumaqq，是不需要安装的，自带jre解压缩后可直接运行。
2、使用RPMRPM有五个基本的操作模式（不包括包的编译）：安装，卸载，升级，查询，校验。本节将对它们一一介绍。
3、在linux中rpm安装包是怎么安装的？点击文件，点击文件这里download目录。或者是rmp包所在的目录下。找到rpm包目录之后，右键打开一个终端了。输入安装的命令之：【sudoyuminstall】，把软件拖入到命令后。
4、rpm是一个功能十分强大的软件包管理系统，它使得在Linux下安装、升级和删除软件包的工作变得容易，并且具有查询、验证软件包的功能。与图形化工具相比，使用命令行可以获得更大的灵活性。
5、ubuntu系统的包管理机制没有采用rpm方法，而是deb方法，安装deb包就可以。